Dugno ekologija
Esminiai moksliniai interesai šioje kryptyje orientuoti į dugno bestuburius ir augalus (rūšies, populiacijos ir bendrijos lygmenyje), jų funkcinės reikšmės ir jautrumo aplinkos stresoriams vertinimą, buveinių kartografavimą ir jų erdvinį prognozavimą. Pagrindiniai tikslai yra suprasti, kokia jūrinio ir gėlo vandens bentoso sistemų struktūra ir funkcinė reikšmė erdvėje bei laike, kaip jos priklauso nuo aplinkos veiksnių (pvz., vandens druskingumas, hidrodinamika, skaidrumas), įskaitant žmogaus veiklas (pvz., eutrofikaciją, nevietines rūšis, tralavimą), kas yra labai svarbu integruotam pakrančių zonos valdymui ir aplinkosaugai. Mokslininkai atlieka makrozoobentoso ir makrofitobentoso rūšių ilgalaikę stebėseną, buveinių kartografavimą ir jų funkcinės reikšmės ekosistemoje nustatymą, ekologinės būklės indikatorių vystymą ir vertinimą. Mokslininkai pagrinde dirba Baltijos jūros ir Kuršių marių ekosistemose, tačiau turi nemažą patirtį ir vidaus vandenyse bei už Baltijos regiono ribų: Arkties vandenyne, Baltojoje, Juodojoje, Adrijos jūrose, Europos lagūnose.
Jūrinė gamtosauga ir valdymas
Tyrimai ir veiklos jūrinėje gamtosaugoje yra svarbi jūrinio erdvinio planavimo dalis. Ši kryptis apima tiek naujų žinių gavybą (pvz. bioįvairovės inventorizacijas, svarbių rūšių migracijos ar reprodukcijos tyrimus), tiek ir jų taikymą planuojant gamtos apsaugą - teritorijų zonavimą, saugomų teritorijų steigimą, gamtotvarkos planų rengimą, būklės indikatorių kūrimą ir taikymą būklės stebėsenoje. Ši kryptis dažniausiai integruoja informaciją apie įvairius ekosistemos elementus: dugno buveines, žuvis, jūrinius paukščius ir žinduolius, o taip pat derina šias žinias su informacija apie žmogaus ūkinę veiklą jūroje – jūros išteklių (žuvų, vėjo, smėlio) naudojimą, infrastruktūros (kabelių, vamzdynų, molų ir t.t.) plėtrą, laivybą ir kitas veiklas. Pastaruoju metu vis daugiau dėmesio skiriama tokių gamtosaugos priemonių kūrimui ir įgyvendinimui, kurios tiesiogiai gerintų saugomų rūšių ir svarbių teritorijų būklę.